Trước khi tham gia vào lĩnh vực báo chí ông là một nhà văn, với các tác phẩm như Dòng sông cụt, Anh ấy sẽ trở về trên báo Văn nghệ Quân đội khi ông còn ở trong quân đội.

Ông bắt đầu làm việc ở báo Tuổi Trẻ, tiếp đó là các báo Thanh Niên, Diễn đàn doanh nghiệp, Nông thôn ngày nay, Sài Gòn tiếp thị.

Bút danh Huy Đức bắt đầu được công chúng biết đến trên báo Tuổi trẻ khi nhà báo này là phóng viên điều tra phanh phui vụ Đường Sơn Quán, một địa điểm ăn chơi nổi tiếng của nhiều cán bộ cấp cao ở Thành phố Hồ Chí Minh.[cần dẫn nguồn]

Sau khi sang làm việc tại Thời báo Kinh Tế Sài Gòn, ông cũng có rất nhiều bài viết về các chính sách kinh tế của chính quyền, đặc biệt là loạt bài viết về các PMU và Bộ giao thông Vận tải mà kết cục đúng như phân tích, sau này sự kiện PMU 18 xảy ra.

Chuyển sang báo Sài Gòn Tiếp thị ông tiếp tục những bài viết phân tích về các chính sách của chính quyền, qua các bài viết và phỏng vấn như "Những chiếc ghế nóng", "Đất đai không phải là chiến lợi phẩm"... Cũng trong thời gian này, cùng với trào lưu viết Blog, ông cũng bắt đầu lập Blog của mình có tên là Osin và trở thành một blogger nổi tiếng, có số người truy cập và comment thuộc hạng cao trong các trang blog ở Việt Nam.[3] Vì những một số bài viết của ông, trong đó có bài "Biên giới tháng Hai" ghi lại những gì thu thập ở biên giới Việt-Trung nhân kỷ niêm 30 chiến tranh biên giới Việt-Trung, 1979,[4] ông bị báo Sài Gòn Tiếp thị sa thải vào tháng 8 năm 2009, đồng thời với việc thu hồi thẻ ký giả.[5]

Tháng 5 năm 2012, ông nhận học bổng một năm của chương trình Nieman trao cho một số phóng viên thành đạt và có nhiều triển vọng sang tu nghiệp và nghiên cứu tại Viện Đại học Harvard. Đề mục chính ông theo đuổi là chính sách công, văn chương Hoa Kỳ và lịch sử Việt Nam.[6]

Cuốn sách Bên thắng cuộc[7] do ông biên soạn và cho ra mắt cuối năm 2012 đã gây nhiều chú ý ở Việt Nam lẫn ở Mỹ vì soi xét vào những đề tài không được nhắc tới vì cho là "nhạy cảm chính trị". Ít nhất hai nhà xuất bản tại Việt Nam đã từ chối in tác phẩm này.[3]